Yıllara yaygın inşaat ve onarım işlerinde elde edilen gelirler GVK’nın 94/1-3’üncü maddesi gereğince vergi kesintisine tabidirler. Vergi kesintisi yapmak mecburiyetinde olanlar, yıllara yaygın inşaat ve onarım işini yapan vergi mükellefi gerçek kişilere veya kurumlara ödedikleri hakkediş bedellerinden ve ödedikleri avanslardan; gelir veya kurumlar vergilerine mahsuben vergi kesintisi yapmakla mükelleftirler..
2009/14592 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı’nda 03.02.2021 tarih ve 3491 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararı’nın ekindeki Kararın 1’inci maddesi ile yapılan değişiklik uyarınca, 01.03.2021 tarihinden itibaren yıllara yaygın inşaat ve onarma işlerine ilişkin hakkediş ve avans ödemelerinden yapılacak genel kesinti oranı %5’tir.
Ancak 30.03.2025 tarih ve 9707 sayılı CBK uyarınca, demiryolları hattı, tramvay, finiküler, monoray, metro ve şehir içi raylı ulaşım sistemleri inşaat ve onarım işlerinde ödenen istihkak bedelleri ile gemi inşaat ve onarım işlerinde ödenen istihkak bedellerinde kesinti oranı 01.04.2025 tarihinden itibaren %1 olarak uygulanacaktır.
Sözleşmeyle yıl içinde bitmesi öngörülmesine rağmen sonraki yıla sarkan işlerde yeni sözleşmenin veya sözleşmede değişikliğin yapıldığı ya da işin fiilen yıllara yaygın hale geldiği tarihten sonra yapılan hakkediş ve avans ödemelerinden vergi kesintisi yapılması gerekir.
Diğer taraftan, geçici kabulden sonra kesin kabulü sağlamak üzere yapılan işler nedeniyle alınan hakkedişler, biten inşaat işiyle ilişkilendirmeksizin elde edildikleri yılın kar ve zararının tespitinde dikkatte alınırlar ve gelir vergisi tevkifatına tabi tutulmazlar.
Kesilen bu vergiler verilecek yıllık gelir veya kurumlar vergisi beyannamelerinde bildirilen kazanç üzerinden hesaplanacak gelir veya kurumlar vergisinden mahsup edilir. Mahsup neticesinde, mükellefe iadesi gereken bir vergi tutarının olması halinde bu tutar, mükellefin talebi doğrultusunda diğer vergi borçlarına mahsup edilir. Mükellefin vergi borcu olmaması halinde ise nakden iade yapılır.